不管是用于化學的核磁共振光譜儀,還是醫學領域的核磁共振成像儀,基本原理都是一樣的:原子核在磁場作用下發生能級分裂,在射頻脈沖作用下產生能級躍遷,從而產生信號。雖然其機理看著很像吸收光譜(absorption spectroscopy),但是其信號接收方式與吸收光譜很不一樣,因為信號探測器不直接檢測射頻電磁波信號的吸收值,而是檢測進動的宏觀磁矩在探測器線圈中感應產生的電流,這倒是有點類似于發射光譜的原理;宏觀磁矩在射頻脈沖消失后會發生衰減,從而導致探測到的信號也是衰減的,這被稱為自由感應衰減(Free Induction Decay,FID)信號。經過傅利葉變換,FID信號可以被轉變為核磁共振光譜,而通過探測人體的氫原子核(人體含水65%,而水中氫含量是11%,如果考慮到其他含氫的物質,人體含有的氫原子總質量高達體重的10%,Composition of the human body)的核磁共振參數可以構建出人體的結構,因為不同結構的氫原子的化學環境不同,導致其核磁共振的參數也有所不同。高靈敏度(或高分辨率)有助于獲得高清晰度的MRI圖片,而這依賴于高磁場強度。這也是為什么強磁場的相關研究很重要的一個原因。